对于逾期六年的债务，从法律角度来看，根据《中华人民共和国民法典》规定，普通民事纠纷的诉讼时效为三年，超过三年未主张权利的，可能会丧失胜诉权。但需要注意的是，如果债权人（如银行或金融机构）在诉讼时效内曾向借款人催收过，或者借款人有还款行为，那么诉讼时效可能重新计算。
因此，如果用户已经逾期六年，是否还能协商还本金，主要取决于以下几个因素：
1. **债务是否已过诉讼时效**：如果债务已经超过三年且没有新的催收或还款行为，部分情况下可能不再受法律保护，但这并不意味着债务消失，只是债权人难以通过法院强制执行。
2. **是否仍存在债务关系**：即使过了诉讼时效，只要债务人尚未完全清偿，债务关系依然存在，只是债权人无法通过法律手段强制要求还款。
3. **能否与债权方协商还款**：即便过了诉讼时效，用户仍然可以尝试与债权方（如银行、花呗/借呗的运营方）进行协商，说明自身困难，请求减免利息、分期还款或只还本金。
4. **协商的可能性**：协商成功与否取决于多个因素，包括用户的还款意愿、经济状况、历史信用记录等。部分机构可能会同意只还本金，尤其是当用户能提供合理解释并表现出还款诚意时。
5. **征信影响**：即使协商成功，逾期记录通常会在征信系统中保留五年，对今后的贷款、信用卡申请等仍有一定影响。
综上所述，支付宝逾期六年后，虽然法律上可能存在诉讼时效问题，但协商还本金仍有可能实现，但需根据具体情况与债权方沟通。建议用户主动联系相关机构，说明情况，争取达成合理的还款方案。同时，也提醒用户注意维护个人信用，避免再次出现逾期情况。
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